Οι φοιτητές υποχρεούνται να εκπονήσουν πρωτότυπη μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία κατά το τρίτο εξάμηνο σπουδών. Η εκπόνηση της μεταπτυχιακής εργασίας μπορεί να πραγματοποιηθεί είτε στο Πανεπιστήμιο Κρήτης είτε στο Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών είτε σε συνεργαζόμενους φορείς του ιδιωτικού και δημόσιου τομέα που συμμετέχουν στο ΔΠΜΣ. Ο επιβλέπων της μεταπτυχιακής εργασίας πρέπει να είναι διδάσκων του ΔΠΜΣ.