Η διαδικασία για την κατάθεση αιτήσεων ανοίγει ύστερα από την δημοσίευση της αντίστοιχης προκήρυξης. Η προκήρυξη είναι ανοιχτή για περίοδο 2 μηνών (Ιούνιο & Ιούλιο) και η διαδικασία ολοκληρώνεται με τις συνεντεύξεις των υποψήφιων φοιτητών. Τα τελευταία έτη συνηθίζουμε να δημοσιεύουμε μια επιπλέον προκήρυξη στις αρχές του έτους (Ιανουάριο - Φεβρουάριο) ώστε να καλύπτονται κενές θέσεις που υπάρχουν στο πρόγραμμα και οι φοιτητές που επιλέγονται μπορούν να ξεκινήσουν τις σπουδές τους από το 2ο εξάμηνο. 

Για την συνέντευξη δεν χρειάζεται κάποια ειδική μελέτη. Τα μέλη της Επιτροπής Επιλογής αξιολογούν το βιογραφικό και την προσωπικότητα κάθε υποψηφίου κάνοντας σχετικές ερωτήσεις. Πληθώρα από παραδείγματα τέτοιων ερωτήσεων υπάρχουν στο διαδίκτυο για την προετοιμασία των υποψηφίων. Θα πρέπει πάντως να γνωρίζει κανείς το βιογραφικό του και να το παρουσιάζει με αποτελεσματικότητα και συντομία, τις λεπτομέρειες των ερευνητικών του δραστηριοτήτων, γιατί τους ενδιαφέρει η ογκολογία, πως το μεταπτυχιακό βοηθά την επαγγελματική τους ανάπτυξη κλπ. 

Τα μαθήματα ξεκινάνε την 1η εβδομάδα του Οκτωβρίου και η διδακτέα ύλη χωρίζεται σε 10 ανεξάρτητες και αυτοτελείς ενότητες.

Τα μαθήματα διεξάγονται ταυτόχρονα σε μια αίθουσα στην Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Κρήτης και σε μια αίθουσα του Ινστιτούτου Χημικής Βιολογίας του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών. Οι 2 αίθουσες συνδέονται με οπτικοακουστικό εξοπλισμό και οι φοιτητές μπορούν να επιλέξουν σε ποια αίθουσα θέλουν να παρακολουθήσουν. Σε συνεννόηση με την Γραμματεία του προγράμματος υπάρχει και η δυνατότητα διαδικτυακής παρακολούθησης των μαθημάτων για όσους φοιτητές βρίσκονται εκτός Ηρακλείου και εκτός Αθήνας.  

Όταν ολοκληρωθούν τα μαθήματα μίας ενότητας προγραμματίζεται και η εξέτασή της, με στόχο κάθε φορά να υπάρχει αρκετός χρόνος για μελέτη και προετοιμασία καθώς θα έχουν ξεκινήσει τα μαθήματα της επόμενης ενότητας. Η εξετάσεις γίνονται το Σάββατο και είναι αποκλειστικά δια ζώσης.

Για τους φοιτητές που περάσουν με επιτυχία την εξέταση μιας ενότητας, βαθμός 6 ή μεγαλύτερος, δεν υπάρχει η δυνατότητα να εξεταστούν ξανά στο ίδιο μάθημα.

Οι φοιτητές που δεν πέρασαν στην εξέταση κάποιας ενότητας εξετάζονται ξανά τον Σεπτέμβριο.

Στο τέλος των μαθημάτων, συνήθως τέλη Ιουνίου, δίνεται στους φοιτητές λίστα με προτεινόμενα θέματα διπλωματικών εργασιών από τους διδάσκοντες του προγράμματος. Οι φοιτητές μπορούν και οι ίδιοι να έρθουν σε απευθείας επικοινωνία με επιστήμονες σχετικούς με το αντικείμενο του προγράμματος και να προτείνουν κάποιο θέμα το οποίο θα πρέπει να πάρει την έγκριση της Επιτροπής Προγράμματος Σπουδών (ΕΠΣ) του μεταπτυχιακού.

Σύμφωνα και με το ΦΕΚ του προγράμματος κάθε φοιτητής έχει δικαίωμα να ζητήσει, με αίτηση του, αναστολή της παρακολούθησης των μαθημάτων ή της εκπόνησης της διπλωματικής του εργασίας. Οφείλει να έχει τακτοποιήσει τις οικονομικές του υποχρεώσεις προς το Πρόγραμμα μέχρι τη στιγμή που θα αιτηθεί την αναστολή σπουδών. Η αναστολή σπουδών εγκρίνεται με απόφαση της ΕΠΣ και δεν μπορεί να είναι μεγαλύτερης διάρκειας των δύο ακαδημαϊκών εξαμήνων. Αναστολή φοίτησης περισσότερο από δύο ακαδημαϊκά εξάμηνα μπορεί να χορηγηθεί μόνο σε σπουδαστές που εκπληρώνουν τη στρατιωτική τους θητεία ή σε περιπτώσεις παρατεταμένης ασθένειας.

Το πρόγραμμα δεν προσφέρεται για μερική φοίτηση.

Οι φοιτητές, μετά την εγγραφή τους και την πληρωμή της 1ης δόσης των διδάκτρων, έχουν την δυνατότητα να αιτηθούν απαλλαγή διδάκτρων σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία. Μετά την προσκόμιση των απαραίτητων δικαιολογητικών, κάθε αίτηση εξετάζεται από πιστοποιημένο λογιστή που καταθέτει την γνωμοδότησή του στην ΕΠΣ η οποία την επικυρώνει. Στους δικαιούχους απαλλαγής διδάκτρων επιστρέφεται η καταβληθείσα δόση και δεν έχουν άλλη οικονομική υποχρέωση απέναντι στο πρόγραμμα. 

Κάθε ημερολογιακό έτος πραγματοποιούνται 3 επίσημες διαδικασίες ορκωμοσίας, συνήθως είναι τον Μάρτιο, τον Ιούλιο και τον Νοέμβριο. Για κάθε φοιτητή που ολοκληρώσει με επιτυχία τις εξετάσεις των μαθημάτων και την συγγραφή και παρουσίαση της μεταπτυχιακής εργασίας υπάρχει η δυνατότητα παροχής βεβαίωσης περάτωσης σπουδών που έχει τις ίδιες πληροφορίες με το πτυχίο.

Σε κάθε ακαδημαϊκό έτος προβλέπονται τρεις υποτροφίες αριστείας, με σκοπό την επιβράβευση των μεταπτυχιακών φοιτητών με εξαιρετική επίδοση στις σπουδές τους. Ως εκ τούτου, η επιλογή των δικαιούχων θα γίνεται με αμιγώς ακαδημαϊκά κριτήρια και όχι οικονομικά ή/και κοινωνικά. Η υποτροφία αριστείας αφορά σε εφάπαξ χορήγηση χιλίων ευρώ (1.000 €) σε καθέναν από τους τρεις πρώτους με σειρά κατάταξης φοιτητές, με βάση την επίδοση τους στο σύνολο των μαθημάτων του α’ και β’ εξαμήνου, σύμφωνα με την διάρθρωση του προγράμματος σπουδών (Μέσος όρος βαθμολογίας μαθημάτων>8,5). Ο μέσος όρος της βαθμολογίας θα προκύπτει από τους βαθμούς της πρώτης εξέτασης κάθε μαθήματος.